A história continua a acompanhar as aventuras dos principais membros da Secção 9: Motoko Kusanagi, Batou e Togusa. A série mantém o formato episódico e retrata a Secção 9 a lidar com questões políticas, como o acolhimento de refugiados e intrigas nucleares. Outra instituição governamental, o Gabinete de Informação do Governo, entra em confronto direto com a Secção 9. Além disso, uma organização terrorista que se autodenomina “Individual Eleven” entra em cena.